تعنى إدارة التخطيط و متابعة وتقييم برامج البحث :

• بالسهر على تنسيق برامج البحث بين مختلف المعاهد .
• بوضع مخطط وموازنة للبرامج البحثية وذلك حسب الأهداف .
• بمتابعة وتقييم البرامج البحثية المنجزة.

وتشتمل على إدارتين فرعيتين :

• الإدارة الفرعية للتخطيط والموازنة وتعنى بوضع وتنفيذ مخطط وموازنة لبرامج البحث الفلاحي حسب الأهداف.
• الإدارة الفرعية للمتابعة والتقييم وتعنى بمتابعة تنفيذ برامج البحث وتقييم انجاز هذه البرامج.

تتضمن مؤسسات  البحث 6 معاهد بحث وطنية و4 مراكز بحث جهوية.